Mis on Gibson Assembly meetod?
See on molekulaarne kloneerimismeetod, mis võimaldab mitme DNA fragmendi ühendamist ühes isotermilises reaktsioonis. See tehnika on nime saanud Daniel G. Gibsoni järgi, kes on Telesis Bio tehnoloogia peadirektor ja kaasasutaja.
Kloneerimiskitis on 3 erinevat ensüümi, mis on ühes puhvris:
Reaktsioon viiakse läbi isotermilistes tingimustes, kasutades kolme ensümaatilist aktiivsust:
- 5’eksonukleaas tekitab pikki üleulatuvaid osi;
- polümeraas täidab üheahelaliste piirkondade lüngad (inglise keeles annealed);
- DNA ligaas sulgeb katkestused ja täidetud tühimikes olevad sälgud.
See meetod on laialdaselt kasutusele võetud ja on kogu maailmas sünteetilise bioloogia projektide peamine töömeetod.
VAATA: Gibson Assembly looja Dan Gibsoni Ted Talk
Gibson Assembly® HiFi
4X Gibson Assembly® HiFi HC one-step komplekt sobib ideaalselt vähem kontsentreeritud proovide jaoks. Vaja on ainult 2,5 µL segu 10 µL reaktsiooni kohta.
Gibson Assembly® ühendab efektiivselt mitu kattuvat DNA fragmenti ühe isotermilise reaktsiooniga. Gibson Assembly® Master Mix teostab kolm ühes reaktsiooni, nagu üleval pool mainitud. Lõpptulemuseks on kaheahelaline täielikult suletud DNA molekul, mis on valmis enamike edasiste rakenduste jaoks.
| Gibson Assembly® HiFi |
| Toote spetsifikatsioon |
| Maximum number of fragments assembled: 5 |
| Cloning efficiency: 90% full-length clones |
| Insert size range: 500–32,000 bp |
| Total construct size range: 100,000 bp |
| Reaction time: 60 minutes |
Gibson Assembly® Ultra
4X Gibson Assembly® Ultra komplekt on ideaalne valik keerukate kloonimisrakenduste jaoks ja sisaldab optimaalset ensüümisegu, mis võimaldab kokku panna 2 kuni 15 väga erineva suurusega DNA fragmenti, kasutades ainult väikest kogust DNA-d. Gibson Assembly® Ultra komplekt põhineb Telesis Bio originaalsel Gibson Assembly® tehnoloogial, et laiendada fragmentide suuruse, fragmentide arvu ja projekti keerukuse vahemikke, mis ühilduvad täielikult ülitäpse kloonimisega. Gibson Assembly® Ultra kasutab tugevat kaheastmelist meetodit, et ühendada sujuvalt kuni 15 inserti plasmiidivektorisse. Kogu protsess võtab aega 80 minutit.
| Gibson Assembly® Ultra |
| Toote spetsifikatsioon |
| Maximum number of fragments assembled:15 |
| Cloning efficiency: 95% full-length clones |
| Insert size range: 100–100,000 bp |
| Total construct size range: 1,000,000 bp |
| Reaction time: 80 minutes |
Gibson Assembly® RapidAMP™ Ultra kit
4X Gibson Assembly® RapidAMP™ Ultra komplekt tagab ühe päeva jooksul sujuva, kokkupanekuks valmis DNA-töövoo. Protsess nõuab vähem kui kuus tundi, alustades Gibson Assembly® jaoks valmistatud lineaarsetest kaheahelalistest DNA fragmentidest ja lõpetades >10μg amplifitseeritud DNA-ga. Lõpp-DNA produkti saab lagundada lineaarsel kujul ja see on seejärel järgnevates etappides kasutamiseks valmis. Vajadust traditsioonilise E. coli transformatsiooni ja plasmiidi puhastamise pole. RapidAMP™ produkti saab edukalt kasutada näiteks transfektsiooniks (lipofektsioon ja elektroporatsioon) ja in vitro transkriptsiooniks.
| Gibson Assembly® RapidAMP™ Ultra Kit |
| Toote spetsifikatsioon |
| Maximum number of fragments assembled: 4 |
| Cloning efficiency: 95% full-length clones |
| Insert size range: 300–1,800 bp |
| Total construct size range: 10,000 bp |
| Reaction time: 80 minutes + 4 hours |
